Domstolens organisation och uppgifter har vid flera tillfällen varit föremål för överväganden, senast i 1999 års patentprocessutredning. I sitt betänkande Patentprocessen m.m. (SOU 2001:33) har utredningen föreslagit att PBR:s prövning av mål om patent, varumärken, mönster och växtförädlarrätt skall föras över till Stockholms tingsrätt, medan domstolens prövning av mål om namn och utgivningsbevis skall överföras till länsrätt.

När det gäller samordningen med Stockholms tingsrätt går förslaget i korthet ut på att PBR:s verksamhet skall inordnas i den verksamhet som bedrivs på tingsrättens sjunde avdelning och som omfattar bl.a. immaterialrätt. Enligt förslaget skall verksamheten hållas samman inom en avgränsad enhet kallad Patentdomstolen och ges karaktären av en särskild domstol (jfr 10 kap. 17 § 1 st. RB).

Flera remissinstanser har ställt sig tveksamma till förslaget, bl.a. av det skälet att det inte tillgodoser kravet på teknisk och patenträttslig kompetens i andra instans (se Remissammanställning, Ju2001/2800/DOM). Regeringen har i budgetpropositionen för år 2004 anfört bl.a. att Patentbesvärsrättens uppgifter bör föras till Svea hovrätt samt att denna och andra frågor kommer att övervägas i en departementspromemoria.