PBR var en självständig specialdomstol som var överinstans till Patent- och registreringsverket (PRV) i ärenden om patent, varumärken och mönster samt namn och utgivningsbevis. Domstolen var också överinstans till Jordbruksverket (JBV) i ärenden om växtförädlarrätt. Tyngdpunkten i PBR:s verksamhet låg på prövningen i mål om patent, varumärken och mönster, dvs. mål som brukar hänföras till det industriella rättsskyddets område. PBR:s avgöranden kundeöverklagas till Högsta Förvaltningsdomstolen, HFD (Regeringsrätten före 2011-01-01 ), men en förutsättning för att överklagandet skall tas upp till prövning var att prövningstillstånd beviljades.

Flera andra domstolar handlade också immaterialrättsliga mål. Både de allmänna domstolarna och de allmänna förvaltningsdomstolarna prövade mål som på olika sätt rör immateriella rättigheter. Medan PBR och de allmänna förvaltningsdomstolarna prövade frågor som rör förutsättningarna för att bevilja skyddade immateriella rättigheter, avgjorde de allmänna domstolarna frågor om intrång i och ogiltighet av sådana rättigheter. I vissa fall kunde samma frågor vara föremål för prövning i PBR eller Regeringsrätten och de allmänna domstolarna, t.ex. frågor om en uppfinning har uppfinningshöjd.

I de allmänna domstolarna – tingsrätt (TR), hovrätt (HovR) och Högsta domstolen (HD) – prövades t.ex. mål om intrång i och ogiltighet av patent samt registreringar av varumärken och mönster. Vid dessa domstolar prövasde också mål som rör intrång i och upphävande av firma (företagsnamn) och efternamn samt intrång i upphovsrätt. Mål som avgjorts vid tingsrätt kunde sedan överklagas till hovrätt och, om prövningstillstånd beviljas, till Högsta domstolen.

Stockholms tingsrätt var den enda tingsrätt i landet som var behörig att i första instans pröva mål om intrång i och upphävande av patent, gemenskapsvarumärken och gemenskapsformgivning. Att Stockholms tingsrätt var den enda domstol i landet som är behörig att pröva vissa immaterialrättsliga mål innebär att Svea hovrätt prövade dessa mål i andra instans. Tekniska domare från PBR deltog i de flesta patentmål som avgjordes vid Stockholms tingsrätt och i Svea hovrätt.

I de allmänna förvaltningsdomstolarna – förvaltningsrätt (FR), kammarrätt (KamR) och Regeringsrätten – prövades bl.a. överklaganden av beslut om registrering av firma. Den som var missnöjd med ett beslut av Bolagsverket (BV) om att vägra registrering av en firma för t.ex. ett aktiebolag kan överklaga detta till Förvaltningsrätten i Härnösand. Förvaltningsrättens avgörande kunde sedan överklagas till Kammarrätten i Sundsvall och slutligen till Regeringsrätten.

Till detta kommer att Marknadsdomstolen (MD) prövade mål som på olika sätt har en koppling till immateriella rättigheter. Det finns ett grundläggande samband och beroende mellan immaterialrätten och konkurrensrätten. Särskilt tydlig är kopplingen mellan den känneteckensrättsliga och den marknadsrättsliga lagstiftningen. Ett exempel på detta är att en användning som innebär ett otillbörligt utnyttjande av eller förfång för ett känneteckens särskiljningsförmåga enligt varumärkeslagen kan utgöra renommésnyltning eller misskreditering enligt marknadsföringslagen.